Aktuální projekt Ochrana – prioritizace – antropogenní transformace (OPAT) a ukončený projekt Monitoring dynamiky krajiny (MonK) vycházejí z dlouhodobé spolupráce mezi Ministerstvem životního prostředí (MŽP) a Výzkumným ústavem pro krajinu a okrasné zahradnictví v Průhonicích (VÚKOZ, v. v. i.). V obou případech se jedná o pětileté smlouvy (MonK 2018 až 2022, OPAT 2023 až 2027). Oba projekty se zaměřují zejména na zvláště chráněná území (NP, CHKO), v nichž hodnotí vývoj krajinného pokryvu a antropogenních struktur a dále strukturu, fragmentaci a konektivitu krajiny. Dále jsou prováděny analýzy habitatové vhodnosti pro zájmové druhy a prioritizace územní ochrany přírody. Některé z úloh jsou rovněž zhotoveny pro okolí NP a CHKO, případně pro vybrané lokality Natura2000 nebo celou republiku.